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依2013年6月19日制定《卫生福利部食品药物管理署组织法》,卫生署升格为卫生福利部,其次级机关有五个署一个局,分别是疾病管制署、食品药物管理署、中央健康保险署、国民健康署、社会及家庭署、国民年金局;因此原行政院卫生署食品药物管理局预计将於2013年7月改为「卫生福利部食品药物管理署」,相关变更名称事项,待「卫生福利部食品药物管理署」网页公告为主。