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為協助產業發展，調和區域法規以及提升行政作業效率與審查透明化，行政院衛生署參考先進國家藥物食品管理組織體例，將原行政院衛生署「食品衛生處」、「藥政處」、「藥物食品檢驗局」、「管制藥品管理局」等單位將完成整併，成立「食品藥物管理局（TFDA）」.
食品藥物管理局」職掌將包括：
- 食品、西藥、管制藥品、醫療器材、化粧品(以下簡稱食品藥物化粧品)管理、計畫及法規之研擬。
- 食品藥物化粧品之查驗登記、審核、給證及備查。
- 應實施人體試驗之藥物，其人體試驗之審查與監督。
- 食品藥物化粧品業者之生產流程管理、進口檢(查)驗、流通、稽查、查核及輔導。
- 食品藥物化粧品之檢驗、研究、實驗室認證、風險評估及風險管理。
- 食品藥物化粧品之安全監視、危害事件調查及處理。
- 管制藥品之稽核、通報、預警、濫用防制及第一級、第二級管制藥品之製造、輸出入及銷售。
- 國民營養之標準擬定、監測、膳食調查、營養增進。
- 食品藥物化粧品消費者保護措施之推動。
- 食品藥物化粧品事務之國際合作與交流。
- 食品藥物化粧品事務之境外管理作業。
- 藥師業務之管理事項。
- 其他西藥藥事業務及食品藥物化粧品有關之管理事項。
